Ce n'est pas un soucis de configuration mais de dev et de logique :)
Sans tout le code il est difficile de t'aider mais les includes sont avec des chemins relatifs ou absolu.
Si tu est dans le répertoire toto et que fait un include ../titi.php il va chercher un fichier qui se trouve dans le répertoire parent.
Par contre si dans ton titi tu fait un include tata.php et bien il va chercher ton tata.php dans le répertoire toto et pas a la racine :)
Il en vas de même pour les chemins de tes images, mais par rapport au site web.
si tu ouvre une page
www.toto.com/tata/toto.phpet que tu affiche une image avec comme lien src="titi.jpg" l'image sera cherchée dans /tata.
Il est donc normal que juste changer tes includes avec ../.. ne fonctionne pas car tu ne doit pas changer tes chemins des images :)
Si tu es sur des chemins finaux (même si c'est moche :p ) tu peut utiliser des chemins absolu
a savoir qui commencent par / et dans ce cas si tu est dans
www.toto.com/tata/toto.php et que tu affiches une image /titi.jpg elle sera prise dans le répertoire racine.
A ne pas confondre avec tes includes qui eux si tu utilise / vont se baser sur la racine de ton disque dur et pas la racine de ton site web :)
Mélange le tout prends un aspirine et tu trouveras la solution :)